सीटीईभीटीले विगतका वर्षमा जस्तै प्रमाणपत्र तहका नर्सिङ, फार्मेसी, ल्याब असिस्टेण्ड, डेन्टल हाइजेनिस्ट लगायत स्वास्थ्यसँग सम्बन्धित विभिन्न विषयको अध्ययन गर्ने संस्थालाई सम्बन्धन दिने, सिट निर्धारण गर्ने, भर्ना आह्वान गर्ने, परीक्षा सञ्चालन गर्ने, परीक्षाफल सार्वजनिक गर्ने लगायतका कार्य गर्दै आएको छ । आयोगले भने चिकित्सा शिक्षा ऐन विपरीत मेडिकल शिक्षा पठनपाठन गराउने शिक्षण संस्थालाई सम्बन्धन दिने, सिट निर्धारण गर्ने भर्ना आह्वान गर्ने, चिकित्सा शिक्षाको नियमन गर्ने अधिकार आयोगको मात्रै रहेको जनाउँदै आएको छ । 

सीटीइभीटीले आयोगसँग समन्वय नगरी ऐन विपरित सम्बन्धन दिने, भर्ना आह्वान गर्ने, सिट निर्धारण गर्ने, शुल्क निर्धारण गरेको भन्दै आयोगले असहमति जनाएपछि २ संस्थाबीच विवाद चर्किंदै आएको थियो ।

सीटीईभीटीले आफ्नो संस्थाअन्तर्गत रहेका ४९ प्राविधिक कलेज र गत वर्ष आयोगले सिट निर्धारण गरेका १४९ कलेजमा यस वर्ष भर्ना आह्वान गर्दै सूचना सार्वजनिक गरेपछि आयोगले ऐन विपरीत गरेको भन्दै आपत्ति जनाएको थियो ।